เภสัชวัตถุ คือ วัตถุธาตุนานาชนิดที่นำมาใช้ประกอบเป็นยารักษาโรค
ตามคัมภีร์แพทย์กล่าวไว้ว่า “สรรพวัตถุต่างๆ ที่เกิดขึ้นมาในโลกนี้ล้วนเกิดขึ้นแต่ธาตุ ทั้ง 4 ย่อมเป็นยารักษาโรคได้ทั้งสิ้น” ตามคำกล่าวก็อาจจะเป็นได้ แต่จะมีสรรพคุณและประโยชน์มากน้อยอย่างไรต้องสุดแล้วแต่ชนิดของวัตถุนั้นๆ จึงจำเป็นต้องเรียนรู้ให้ลึกซึ้งถึงรูปลักษณะ ส่วนที่ใช้ ชนิดของวัตถุธาตุอ่อนหรือแก่ เก่าหรือใหม่ สดหรือแห้ง มีคุณภาพดีหรือเลวอย่างไร เมื่อนำมาใช้แล้วจะมีสรรพคุณจริงตามตำราหรือไม่ การเอาใจใส่อย่างละเอียดและปราณีอย่างนี้ ต้องมีอยู่ประจำตัวเภสัชกรเสมอ
เภสัชวัตถุจำแนกออกได้เป็น 3 ประเภท คือ
ประเภทที่ 1 พืชวัตถุ ได้แก่ พรรณไม้ต่างๆ จำแนกออกได้เป็นพืชจำพวกต้น, พืชจำพวกเถา-เครือ,พืชจำพวกหัว-เหง้า,พืชจำพวกผัก และพืชจำพวกหญ้า ซึ่งจะต้องรู้จักส่วนต่างๆ ของพืชที่นำมาใช้เป็นยา เป็นต้นว่า ราก ,หัว,ต้น,กะพี้,แก่น,เปลือก,ใบ,ดอก,เกสร, ผล,เมล็ด ว่ามี รูป ,สี ,กลิ่น,รส และมีชื่อเรียกอย่างไร
ประเภทที่ 2 สัตว์วัตถุ ได้แก่ ร่างกายและอวัยวะของสัตว์ทั้งหลาย จำแนกสัตว์ออกได้เป็นสัตว์บก,สัตว์น้ำ และสัตว์อากาศ ซึ่งจะต้องรู้จักส่วนต่างๆ ที่นำมาใช้เป็นยา เป็นต้นว่า ขน, เขา,เขี้ยว ,นอ ,หนัง , กราม , กรวด ,น้ำดี ,เล็บ ,กระดูก ว่าเป็นของสัตว์อะไร มีรูป ,สี ,กลิ่น ,รส และมีชื่อเรียกอย่างไร
ประเภทที่ 3 ธาตุวัตถุ ได้แก่ แร่ธาตุต่างๆ ที่เกิดขึ้นเอง หรือสิ่งที่ประกอบขึ้นจากแร่ธาตุ หรือสิ่งสังเคราะห์ขึ้น จำแนกธาตุออกได้เป็นธาตุที่สลายตัวได้ง่าย และธาตุที่สลายตัวได้ยาก ซึ่งจะต้องรู้จักแร่ธาตุนั้นๆ ว่ามีรูป ,สี ,กลิ่น ,รส และมีชื่อเรียกอย่างไร